就在这种紧要关头，皮萨罗军中另一名上尉索托作为中间人，把阿尔马格罗和胡安召集到一起。索托向双方说明了事态的严重性，并要求双方都要保持克制和冷静，顾全大局，把人放了，双方人马全部撤出昆查库卡神庙。阿尔马格罗表示同意，但他用强烈的口气对胡安的霸道进行了严厉谴责。而胡安则把责任往阿尔马格罗身上推。
索托在一旁见他们两人越吵越凶，互不相让，就对胡安说，“既然阿尔马格罗将军出面要人，你不能不给这个面子。现在侯爵不在，你要以大局为重，不能意气用事。这样会把事情弄糟。眼下先把人放了，其他事情等侯爵回来了再说。”
胡安见阿尔马格罗恼羞成怒，也知道阿尔马格罗不是吃软怕硬的人，害怕万一两支部队真在昆查库卡神庙打了起来，也没法向皮萨罗交待，于是，便顺坡下驴借梯下台，说，“既然阿尔马格罗出面领人和担保，我也就不多说了，但请阿尔马格罗将军对你们这些士兵管教严些，别让他们老是这样扰乱治安。”阿尔马格罗很不耐烦地说，“这些话不用你说，我知道该咋做。你快快放人。”
胡安就把卫兵叫来，低语了几句，就对阿尔马格罗说，“好了，你派个人跟莱托蒙多中尉一起去领人。”阿尔马格罗就让秘书韦尔瓦跟着莱托蒙多去了那座神庙。
出了这当子事，让阿尔马格罗脸上很是没面子。所以，阿尔马格罗把弗朗西斯叫到办公室里大骂了一顿，吓得弗朗西斯低着头，连大气都不敢喘一下。骂完弗朗西斯，阿尔马格罗还是觉得憋着一肚子的气。这时，副官萨维德拉心平气和地对他说道，“将军没有必要为弗朗西斯而如此恼怒，胡安他们这样做表面上是针对弗朗西斯上尉，实际上还是在有意地为难将军你呢。”
接着，他又说道，“胡安和贡萨洛为什么敢在将军面前胆大妄为，如此放肆，还不是仗着他哥哥皮萨罗的权势。你虽然跟皮萨罗同是合伙人，但他根本就没把你当成合伙人，而是把你当成了他的一个下属，处处给咱们设计使拌，让咱们吃亏上当，却有苦难言。所以，我早就预料到了咱们跟皮萨罗终久会有一场分争。所以，我觉得咱们要趁早做些准备。”
阿尔马格罗听着萨维德拉的话，不停地点着头，说，“你这话我也早有考虑。跟皮萨罗在一起，早晚不是让他给我憋闷死，也得让他把我捉弄死。”
还没等阿尔马格罗心中的烦燥消净，这天，胡安和贡萨洛又拿着一封信来了，说，“侯爵要你带着部队去征服智利。”说着，便把那封信递给了阿尔马格罗。阿尔马格罗让秘书韦尔瓦把那封信读着，
“亲爱的阿尔马格罗将军，我亲密的战友，获悉你已被西班牙国王任命为智利总督，我加倍地恭贺你。智利是一片未被占领和开发的疆土，充满着无穷的希望，需要你和你的官兵们去征服和享用。这既能让你成就一番伟大的事业，取得巨大的功绩，也能让你和你的部下获取巨大的利益。同时，也能避免两支部队之间发生纷争和冲突。”
“最近，不断有传闻说你的部下私自闯入市民和王公家中进行抢劫和强奸，甚至抢人，气焰嚣张，无法无天，搞得市区乌烟瘴气，搞得市民人心惶惶，无人能管，无人敢管。而且有不下十个人对我说这种违法乱纪的行为是由你下令造成的。这让我感到十分地吃惊。考虑到你身为智利总督和你及部下在库斯科的恶劣影响，我命令你带领你的部下前去智利进行征服行动，为西班牙国王和你自己打下一片新的天地。”
听完信，阿尔马格罗不停地吸着烟，叹着气，半天没有说话。胡安见阿尔马格罗一脸的怒气，也没好多说，只说了句，“侯爵要你马上启程，不得有误。”便和贡萨洛一起离开了。
韦尔瓦见胡安他们走了，就对阿尔马格罗说，“皮萨罗是想以征服智利为名，把你调离库斯科。”阿尔马格罗说，“他的这点小心眼，谁还看不出。可是，我不去，凭什么他说让我干啥我干啥？我又不是他的部下，干嘛要听他的。再说库斯科本身就归我所有。”
之后，虽然胡安又来催了几次，但阿尔马格罗还是按兵不动，到后来，阿尔马格罗甚至不见胡安和贡萨洛。