北伐统帅，依然由周琅亲自担当，不是他揽权，而是手下人真的没有独当一面的帅才。
徐达那种仅次于朱元璋威望的人物，周琅的军中没有，赵文、陈小手、洪九指等人都是独当一面的大将，经过这几年的战争，指挥几万人攻城略地的能力有，可让他们多面调度，纵观全局，就有些为难他们了。
不是他们不够努力，陈小手等人在军中完成了扫盲，日日兵书不离手，菲舍尔等讲述的西方军事部署课程也是认真学习，战场上又经过多次实践，早就融会贯通。
可问题是根基浅，而且掘进太快，从周琅从凤山起兵到现在，这才过了几年时间，根本不足以让一个人从文盲成长到元帅。徐达北伐前，那是跟随朱元璋南征北战了十四年，历经过与陈友谅、方国珍等割据枭雄的生死大战，经验之丰富，是赵文等人不能比拟的。
周琅的指挥战斗经验和能力也不比这些人出色，可周琅一直身居最高位，统揽全局的能力却一直在变强，加上他本身就掌握的精通的现代管理能力，都让他在掌控大局方面，远超这些手下。
所以，哪怕遭遇了最为激烈的反对，周琅依然坚持亲征。
文物群臣都反对，原因很简单那，周琅现在是皇帝了，哪能动不动亲征，王辅茞更是表示，周琅身系国家，又没有子嗣，万一遇险，局面会呈现土崩之势。他不在乎周琅个人的生死，可周琅的生死关系到大家的基业，他就不能不在乎了。
事态发展到了最后，甚至大有群臣死谏的态势，周琅不得不退了一步。
他答应不会轻动，会率先在南京运筹帷幄，等各路北伐军站稳脚跟后，他才会北上。
这样的决定，其实也就定下了同样争执不下的北伐路线。
在北伐路线上，出现了跟朱元璋时候一样的争议，像常遇春这样的激进派，希望直抵北京，攻击敌人中枢。朱元璋认为这个方案太过轻敌冒进，认为“元建都百年，城守必固，若悬师深入，不能即破，顿于坚城之下，粮饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据”。
最后朱元璋制定出了三步计划，“先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户槛，天下形势，入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。既克其都，鼓行而西，云中、九原以及关陇可席卷而下。”
徐达完美的执行了朱元璋的策略，三个月攻下山东，旋师河南，又拿下潼关，堵住关中的元朝武装，接着才从河南、山东夹击河北、大都，当发现没有援军的情况下，蒙元皇帝带着后妃跑了，从居庸关跑去了草原。
第三步，朱元璋才着手对付山西、陕西的元军，基本上统一了黄河以北地区。