崇祯二十年二月，崇祯皇帝一旨令下，明廷开始彻底整改南直隶。
首先裁撤的就是旧有南京六部，明廷将南京吏户礼工刑兵六部，还有都察院、国子监等一大批与京师相同规格和名号的部院尽数裁撤，并且永不再设。
这道旨意一出，大明自永乐年间施行了两百余年的两京制度，便是彻底被废除，天下由此而是议论纷纷，不少人惊慌失措，觉得又要大乱。
更有人幸灾乐祸，觉得这是崇祯皇帝咎由自取，势必灭亡，然而无论这些人如何去想，明廷上下在南京的整改行动却仍是如火如荼。
西厂、神武军，以及各地戍卫兵马，几乎都是全数出动，随处可见巡卫的兵丁和奉旨拿人的番子、差役，旁人无不是敬而远之。
在这个期间，就连青皮们也是不敢滋事，因为官差对他们再也不会留情，这个节骨眼上被抓到了，几乎都是难逃死亡的命运。
裁撤这些部院之后，数万官员没了官身，自然要联络各个阶层开始闹事，但西厂动作很快，仅五品以上官员，在三日之内就抓捕了数百人。
严重些的抄家灭门甚至被诛族，请的祸及自身，或被充军戍边，或被发为刑役，打散到各地的陵寝之地做免费的苦力劳工。
对待这些曾经的大佬们，底下人也是不会客气，根本没有拿他们当人对待，几日下来，这些往日娇生惯养的文士们，便是死了大半。
他们的死活并不会对朝廷接下来的行动起到一丝一毫的影响，南京还只是个开始，这场声势浩大的抓捕行动，很快就从南京遍及整个南直隶。
无数老旧官员被当街处斩，抄家灭门，可是紧接着又会亲皇党一系的的新官员走马上任，稳定局势，对于这些皇帝亲自任命的大员，各地官员也是根本不会有任何不遵不敬。
曹化淳借着这次行动，几乎在南直隶每个州府都设立了西厂分署，东厂各地衙署传令的叫做飞信，主要是飞马递信。
西厂也搞出了一套自己的情报系统，他们管传令的东西叫做天令，叫的好听，其实就是各种训练出来极其听话的信鸽。
各处官员只要见到西厂番子们青色的衣裳，就会吓得瑟瑟发抖，在崇祯皇帝的刻意纵容之下，西厂威权随之日渐旺盛。
不过有马爌、周经武等人带兵坐镇城内，南京内外倒是没出多大的乱子，与往常不同的只是巡逻衙役多了数倍，到处都能见到明甲执锐的兵丁戍卫城防而已。
既然撤了南京六部和各部院衙门，自然要有新的代替，南都留守司衙门便是应运而生，选址就在原本的镇守太监府邸。
南都留守司下设三个分部，分管南京内外的军政、民政和税收，增设了一批如惠民药局、施粥厂、南都历事分局、工事分局、火器分局等一批的功能性衙署。
至于这些衙署的官员，先从原本各部院官员中录有实绩者择优充任，若是不够，再由京师统一调派。
除此之外，南京城并不会和其余的府城有任何不同。
同时，明廷取消了南直隶行政区，将旧有南直隶十四个府彻底打散，只保留顺天府等三个仍是府的沿革，其余十一个或降为直隶州，或降为散州，地方官员同样随之降级。
尤其是曾发生动乱的建武朝廷首都杭州，被直接从府降为散州。
除了戍卫兵士以外，南京内城的巡卫、镇守工作此后将全部由周经武统带的神武军负责，周经武不仅是南京守备，还被任命为留守司军务分部的主事官员。