四川乱局，还要从崇祯十七年开始说。
早在崇祯十三年，张献忠就已经攻陷了武昌、汉阳、及湘省重镇岳州等地，兵锋所过之处，席卷西南，不下李自成。
但是后来，西军的中心逐渐转移，与马守应合兵之后，张献忠决定放弃已经占领的两湖、江西三省大部分地区，集中进入四川。
这是张献忠第五次进军四川，前四次都被以秦良玉为首的明军将校阻击失败，这次西军浩浩荡荡，携大胜之师，形势显然不同以往。
崇祯十七年那一年，无论对刚穿越过来的崇祯皇帝和张献忠而言，都是极其重要的一年。
那年五月，张献忠率时有四十万的西军水陆并进，向四川成都浩荡进军。
时人称“川东上下，鱼溃鸟惊”，到六月时，西军以步、骑、水师严围重庆，连攻六日后破城。
张献忠执杀宗藩瑞王朱常浩、四川巡抚陈士奇、重庆知府王行俭等人，没其财产。
到了七月，西军以三十万兵力进围成都，一路州县望风瓦解。
在成都进攻战的郊外，西军都督温玉洁被驰援而来的守备官李占春所杀。
后来李占春退守石柱，包括泸州在内的川南、川西南四十七州县，皆为大西军所陷，且所至多迎降。
八月，西军攻陷成都，总兵郝希文战死，宗藩蜀王朱至澍并周贵妃、总兵刘佳允自杀。
宗藩内江王被活捉，西军又在城内捕杀四川巡按御史刘之渤、四川巡抚龙文光等人，皆杀。
九月，张献忠留义子张可望于成都‘监国’，率大西军主力北上与大顺军争夺川北地区。
原明军降将、顺军川北守将马科率部迎击，被击败于绵州，被迫率军退往汉中。
这就是按照历史轨迹张献忠走完的路程，在这之后，一切都不再一样。
本来在那个时候应该攻入北京的李自成，依旧在宁武关尺寸之地不得进退，且新败兵颓。
当时的张献忠，本来已经占据了几乎整个四川，按照历史的进程，他很快就要迎来入关清军的南下。
可当时他迎来的，是新败大顺军退回陕西后的主力。
李自成在山西遭受挫折，自然要在其它地方找找场子，从逃到汉中马科的口中听到张献忠袭取川北之事，遂决定出兵夺回川北。
后来的一段时间，张献忠两面受敌，川内虽然占领，但是川民并非对大西心悦诚服，还有无数星罗棋布忠于崇祯的势力暗中搞事。
不得已，他下令减缓进攻曾英、李占春和秦良玉等人固守石柱一带的脚步，转而主要与顺军的马科等部进行决战。
崇祯十九年中，崇祯皇帝御驾亲征连败顺军、清军，全国明军军心大振，四川部分开始反攻西军。
直至崇祯二十年，四川巡抚马乾以兵事被罢，曾英、李占春以战功进四川总兵、参将，名将秦良玉任川陕总督。
同年，都察院御史陈良谟奉旨巡抚四川，到任之后传檄遵化，重新启用避世居家的樊一蘅与王应熊。
川陕总督秦良玉檄诸郡旧将会师石柱，预备反攻。
此时四川总兵曾英刚收复重庆，战略放弃重庆，率部掩护难民来到石柱，与诸将会师。
从崇祯二十年到崇祯二十一年的九月，是四川明军趁顺军、西军内斗时大举反攻的阶段。
被崇祯皇帝任命为四川巡按的樊一蘅，推荐一系列旧将，上疏请建四川新军。
崇祯皇帝准许，降旨以樊一蘅为新军总督，起用甘良臣为总兵，副以侯天锡，合参将杨展，游击马应试等，为四川新军。