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战斗依然在进行，不过‘矩阵’很快就发现了，他在虚拟的世界中竟然无法击败尼奥，于是它不得不在现实中行动起来。大量的机械章鱼开始寻找锡安的所在地，必须从现实中消灭尼奥这个救世主，不管墨菲说的是不是真的，他们都没有选择的权利。
同时双反不可能再进一步的合作，‘矩阵’不会释放人类，而人类也不会让‘矩阵’继续奴役，双方在本质上就是对立的，这才有了墨菲的轻松挑拨，让他们双方开战。脆弱的同盟就此瓦解，墨菲斯的手机响起，“墨菲斯，哨兵太多了，他们很久就会发现我们的家园，你必须带着你的飞船回来参战。”
这是锡安发来的命令，墨菲斯明白了，‘矩阵’在虚拟世界中无法消灭尼奥，只能在现实中动手，而现实中人类的力量不是‘矩阵’的对手。
“尼奥，马上撤离！”墨菲斯只能大声叫喊，尼奥听到之后直接摆脱了攻击者，随后飞行起来，最后带着墨菲斯离开。
墨菲不太满意，大片儿结束了，而现实中的事情不是他可以管的，最少目前来说不是，他也没有现在去找‘矩阵’的想法，就这么安心的在酒店中享受着人类的生活，虽然是假的，但是也算是复习一下。这么说也不对，这么奢华的生活他是没有经历过的，毕竟原来不过是一个网络作家而已，这些距离他太过遥远。
“嗯，赚钱确实很重要，看来回去以后要好好的努力了。”墨菲享受的同时整理着自己在这里得到的数据，建筑不算是一个大类别，到时候可以自己用用。剩下的一些太过落后，与变形金刚世界的没有办法相提并论，可是多少可以补充一点儿基础部分，如此也算是有所得。
即便是休息也没有忘记复习，这点墨菲觉得自己十分的优秀，至于外面的战争和他无关，就算是人脑袋打成狗脑袋都和他无关，只要尼奥进化就可以了，墨菲将其定义为进化。
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外面的战争确实进行的十分紧张，锡安的位置很快就会被发现，而他们正在集结所有的力量准备进行防御，只不过这种防御是徒劳的，他们自己很清楚这点，于是墨菲斯又开始大胆的策略，准备带着自己的飞船冲击‘矩阵’的主机。
他不知道这么做对不对，但是除此之外又能如何？但是锡安内部发生了分歧，他们要集中每一点的战力进行守卫，为此激烈的争吵了起来。
有些事情是注定的，也许是注定的，墨菲斯最终带着尼奥以及自己的船员们出发了，只不过是没有得到许可，是在一些人的帮助下偷偷溜走的。
尼奥是迷茫的，不过几天的时间，原来所熟悉的一切都成为了虚假的，而现在他则是需要面对‘矩阵’主机的防御体系，如此做到底会发生什么他不得而知，但是他别无选择。现在唯一的收获也许是崔妮蒂的爱慕，这点他感觉到了，哪怕只是几天的时间，他并不知道为什么会得到一位女士的爱慕，但是这是他现在唯一的收获。