时光匆匆，三年的时间已经过去了，这三年期间木叶村内安定祥和，没有任何的袭击事件发生，不过有些木叶村接到的任务却很是特殊，执行起来看是容易，可是实行起来却是险象环生，有很多出去执行的忍者都在执行任务过程中牺牲了。
日向神乐和千手纲手之间的关系，已经在木叶村高层当中变得明朗化了，可是日向神乐不断耕耘，千手纲手和静音的肚子却是一点变化都没有。
自来也在新年之后，还是离开了木叶村，继续他的旅行，他不想在村子当中，他感觉木叶村的气氛有些沉重。
他又踏上了自己的旅行，寻找所谓的救世主。这一走就是三年三年的时间，没有任何的消息传回木叶村，也很少有准确的人看到自来也的身影。
木叶村后面的商业街建成了，在日向神乐把自己的一些零食的制作工艺交给几个人之后，商业街也渐渐地繁荣了，尤其是孩子作为喜欢。
漩涡鸣人和宇智波佐助还在忍者学校学习，不过也快毕业了，日向宁是去年的时候在忍者学校毕业了。
日向宁次，天天，洛克李成为了迈克凯的手下，组成了第九班。
不过这个小组并没有执行什么重大的任务，每天都是些琐碎的事件，不过却很是忙碌。日向宁是这段时间过得还是充实。
日向宁志，并且在日向神乐的帮助下完成了日向一族柔拳法的回天，八卦三十二场和八卦六十四掌。这些原本都应该是日向宗脉所掌握的秘籍不过在日向宁次的想法下，加上日向神乐的辅助终于完成了。
漩涡鸣人和宇智波佐助在忍者学校，经常给日向神乐惹一些麻烦，因此日向神乐都成为了学校的常客，动不动就会被叫去，为漩涡鸣人和宇智波佐助他们所犯下的错误进行收尾。
漩涡鸣人依旧，如原著当中还是胡闹，上课的时候不好好听课，只想着玩耍或者吃零食，下课的时候调皮捣蛋，而且还在学校当中当起了小霸王。
宇智波佐助相较于原著当中，整个人没有那么阴沉，只不过一直在走酷酷的路线。以至于经常遭受到其他忍者小学生的妒忌，想要揍他一顿，让他酷酷的不下去。可是每一次都被宇智波佐助揍的鼻青脸肿，连他爹妈都不认识。