那时郭汜、樊稠与李傕之间的矛盾已经开始激化，双方几次都差点动了手，多靠贾诩居中调停，多次用道理责备他们，李郭等人对于贾诩的话颇为信服，矛盾才没有进一步的激化，但后来由于朝廷的大环境越来越恶劣，西凉军内部矛盾也积累到了临界点，贾诩也无力再阻止矛盾的最终爆发。
李郭等人杀王允、逐吕布，挟天子而令诸侯，再次激起了关东诸侯们的反弹。在徐州刺史陶谦等人的支持下，以朱儁为帅，和诸豪杰共同推举他为太师，并传檄给各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。
这时，贾诩和太尉周忠提议让人用天子诏书征召朱儁入朝，朱儁果然进京，危机遂解。
贾诩母亲去世之后，贾诩再次辞官，被授为光禄大夫，但很快李傕杀樊稠与郭汜在长安展开大战，李傕又请贾诩复出担任宣义将军。
李傕和贾诩商议想迎接天子到他的大营中，贾诩认为不可，对他说到：“不能这么干，胁迫天子，不是大义所在！”可惜李傕不听。
张绣知道了对贾诩说道：“这里不可久居，你为什么还不离去呢？”
贾诩回道：“我深受国家的恩惠，是不能弃大义而去的，你走吧！我是不能走的。”
李傕那时召来了羌、胡数千人，先是将皇室用品赐给他们，然后又向他们许诺宫人妇女，想要他们帮助进攻郭汜。这些羌、胡多次来到天子所在之处，大声说到：“天子在里面吗？李将军许诺给我们的宫人美女，现在都在哪里呢？”汉献帝非常苦恼，于是将贾诩召唤来。贾诩秘密的和羌、胡的统领们一块聚餐，向他们许诺封爵和重宝，成功地将他们都引出了长安。李傕的势力也因此受到了打击。
后来贾诩在李郭谈和、天子东出以及保护大臣等事情上都出了大力气，并最终达到了目标，长安的战事也逐渐平息，大臣都受到了保护，献帝也确定东出长安。天子离开长安之后，贾诩交还了官印绶带。
但让人没有想到的是，在天子东迁的路上又发生了很多的事情，郭汜离开了天子的队伍，并和李傕再次联合想重新夺回天子，守卫天子的军队惨败，很多大臣都被李郭的军队抓走，李傕不喜欢司徒赵温、太常王伟、卫尉周忠、司隶荣邵等人，想把他们都杀掉，这时又是贾诩及时站了出来，劝道：“这些人都是天子的大臣，您为什么要加害他们呢？”成功的阻止了李傕。
后来汉献帝派人向李郭等人求和，李郭看到重新夺献帝无望，就答应了天子的求和，放回了所抓到的大臣，以及一部分的皇室器具，贾诩也就此离开李傕。
此后，贾诩又投靠了其他的西凉军将领，但都终究并非其主，不是自己都最终归宿之处。