孙策对于此事是极力反对的，他以董卓为例劝谏袁术，但袁术认为自己拥有淮南的大军，而孙策当时只不过刚刚占据吴郡，所以没有把孙策的劝谏放在眼里，反而认为孙策最终会屈服于自己。
但孙策可是孙坚的儿子，看到袁术真的自立后，孙策立刻和袁术断绝关系，并且还发书信劝说吴景、孙贲、孙香等亲戚与袁术决裂，返回江东。当时吴景在袁术麾下担任广陵太守，吴景当即放弃广陵东归孙策。孙贲更是被已经准备称帝的袁术任命为九江太守，也就是后来的淮南尹，然而孙贲却抛弃妻儿，拒不就任，返回江东，孙香是孙策的族兄，在袁术麾下担任汝南太守，只有他因为道路过于遥远没能回到江东。
除了吴景、孙贲等亲戚外，周瑜也居巢过来投靠孙策。
袁术本来想将周瑜留在自己身边，但周瑜看出袁术无法成大事，请求外放，袁术遂让其做居巢长。建安三年（198），周瑜就经居巢回到吴郡。孙策闻周瑜归来，亲自出迎，授周瑜建威中郎将，调拨给他士兵两千人，战骑五十匹。周瑜时年二十四岁，吴郡人皆称之为周郎。
据《江表传》记载，当时孙策除了给予周瑜士卒、战马之外，还赐给周瑜鼓吹乐队，替周瑜修建住所，赏赐之厚，无人能与之相比。孙策还在发布的命令中说：“公瑾雄姿英发，才能绝伦，和我有总角之好，骨肉之情。在丹阳时，他率领兵众，调发船粮相助于我，使我能成就大事，论功酬德，今天的赏赐还远不能回报他在关键时刻给我的支持呢！”
在周瑜南下之时，其实鲁肃也在，并且和孙策见了面，孙策对其也是多加赏识，但后来因为鲁肃的祖母去世，鲁肃于是回东城去办理丧事，就这样最终和孙策错之交臂。
平定丹阳
丹阳郡是袁术在扬州的地盘之一，他派吴景打败原丹阳太守周昕后，先是任命吴景取代周昕管理丹阳，后又让周瑜的父亲周尚接任，最后选择自己的从弟袁胤治理该地。
袁术对于孙策的行为非常不满，他拉拢丹阳的祖郎等地方势力，并鼓动山越共同对付孙策。而当时太史慈也占据泾县，自称为丹阳太守。
建安三年（198）孙策派徐琨将袁胤驱逐，夺取了丹阳郡，平定宣城以东各地，本来他是上表徐琨为丹阳太守，恰好吴景从北方回来，因为吴景对于丹阳更熟悉，孙策遂迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守，之后孙策亲自进攻丹阳泾县以西。他先进击陵阳（今安徽青阳县东南），擒获祖郎，又进击勇里（今安徽泾县西北），擒获太史慈。孙策平定丹阳回师的时候以太史慈、祖郎二人领军为先导，全军都感到十分荣耀。回吴郡后孙策拜太史慈为折冲中郎将，授祖郎为门下贼曹。于是丹阳平定。
在讨伐祖郎的过程中，孙策曾经一度被祖郎军队团团围住，当时是程普同一名骑兵一起保护着孙策，驱马疾呼猛突，用长矛刺敌，将祖郎军往两边分开，孙策才得以随程普冲出重围。
据《江表传》记载孙策在俘虏祖郎后，对其说道：“你以前袭击我，还砍我的马鞍，但现在我建立军队开创事业，希望我们之间可以抛除旧恨，只愿你能为我所用，所以你不需要恐惧，我是不会针对你的。”祖郎随即叩头谢罪，孙策让人即打破他的刑具，赐给衣服，任命他为门下贼曹。
夺取丹阳之后，孙策在江东的势力进一步扩大，已然成为了崛起的新星。