团为义军的标准建制，武昌定制之后，义军以团为最大编制。每团人数3000至3800人。全军编成14个步兵团、一个骑兵团、两个独立骑兵营。
团长由一名上校军衔的军官担任，设副团长一人。下属一个炮兵连（６门制），一个辎重营。
每个团都下属10个步兵连，组成三个步兵营以及一个团部连。部分团配属骑兵连。
步兵营，营长一般为少校军衔，下属三个步兵连、一个炮兵连（２门），一个辎重连。
步兵连是基本的战术单位，其中包括3名军官、5名中士、8名下士和150-180名列兵组成，连长一般为上尉军衔。
另设督府所属每省皆部署独立宪兵团以充当警察，维持督府于地方统治以及地方治安秩序，因其驻守地区不同，其兵力皆不相等。
宪兵驻派原则府城所在派驻百人宪兵连，县城派驻30-40人宪兵排，每省宪兵部署约5000人上下。
另九江、虎门等地皆设有独立要塞炮兵团，作为要塞炮台守备。
义军舰队既长江舰队。
以7艘西式商船改造军舰为主，皆以轻型卡龙炮为主炮，另辅以加装小型卡龙炮小型三角帆船。